En février 1941, Jean s'engage dans la marine. Le 20 février, François opte pour l'armée de l'air. Il signe un engagement de quatre ans. Certain explique ce choix comme une précaution prise face à une possible répression de la part des occupants ou, tout simplement de la police française, celle d'Alype et de Poinsot, celle qui a établi, depuis fort longtemps, un fichier des syndicalistes et des militants communistes. Ils ne partent pas seuls; s'engagent avec eux leurs amis Marc et Maurice Tallavi.

Les deux frères rejoignent leurs affectations en Afrique du Nord, en Tunisie. Cette armée d'Afrique, sous les ordres du général Weygand, dépend toujours de Vichy qui, pressé par les Allemands, va entreprendre son épuration; l'armée de l'Air est dissoute, François Abarrategui est démobilisé le 27 février 1942. Son frère est fait prisonnier par les Allemands lors de la prise de Bizerte. Confié aux Italiens, il sera bientôt libéré et en profitera pour rentrer à Bordeaux.

François, libéré le 27 février 1942, reviendra en France en décembre 1942, placé en permission renouvelable.

Là, avec son frère, il retrouvera son ami Marc Tallavi. Les trois jeunes gens, tous trois charpentiers, vont trouver du travail à Cognac, sur la base militaire, dans l'entreprise "Gebrüder Keitel". Cela leur permet de se mettre en règle avec les autorités. François réside à Genté. Ce passage à Cognac sera bref. La documentation familiale laisse penser que les trois jeunes gens profitèrent de cette période pour agrémenter leur ravitaillement, au détriment des Allemands de la base.

Le matériel collecté était échangé contre de la nourriture avec les paysans des environs. La famille Abarrategui a conservé de très bons rapports avec ces gens là, en particulier avec des habitants d'Angeac Champagne. Le matériel disparaissait sous le nez des Allemands qui recherchaient fébrilement une explication à l'évaporation de leur matériel de secours (seaux, pelles...), de leur engrais, pis encore, de la porte de leur mess...

François et Jean travaillaient sur le toit des hangars. De là, ils pouvaient voir les avions allemands prêts à décoller pour aller bombarder l'Angleterre. Un beau jour, leur attention fut attirée par un avion qui, visiblement, allait effectuer une mission. Ils descendirent de leur charpente pour saboter le bombardier. L'enquête des militaires allemands se fit plus pressante.

Il était temps de revenir sur Bordeaux.