Benjamin Saufrignon, reconduit dans ses fonctions de maire, et les membres du nouveau conseil prirent leurs fonctions le 8 avril 1941 en exprimant leur loyalisme envers le chef de l'Etat. Lors de la suppression des conseils généraux, Benjamin Saufrignon fut nommé membre du nouveau Conseil départemental de la Gironde (10 mars 1943). En ce temps là, une partie de ses enfants était en Angleterre depuis le début de la guerre. un neveu était prisonnier de guerre, un de ses cousins qu'il avait fait entrer dans la police bordelaise fut déporté en Allemagne, un autre fut requis pour le S.T.O. Pendant la durée de l'Occupation, même s'il trouva personnellement dans l'idéologie de Vichy des thèmes qui lui étaient chers depuis longtemps, le Maire continua comme avant guerre de se montrer bienveillant et attentionné envers ses administrés pour les aider avec les moyens, faibles, à sa disposition: interventions auprès de l'administration supérieure française pour faire élargir des détenus du camp d'internement, interventions auprès de la Standortkommandantur (Bureau de la place) de Mérignac pour atténuer les réquisitions de toutes sortes ou empêcher des dénonciateurs de nuire, pour fournir aux prisonniers de guerre évadés ou aux réfractaires du S.T.O. les cartes d'alimentation ou les papiers dont ils pouvaient avoir besoin dans leur vie clandestine. Il put au lendemain de la guerre, sans grande peine, trouver en sa faveur des témoins de tous bords politiques et confessionnels (brochure publiée en 1946).